Schädliche Substanzen können durch die Nahrung über den Darm in unseren Körper gelangen. Darüber hinaus bilden die Darmbakterien, vor allem wenn ihre Anzahl und Zusammensetzung durch Fehlernährung oder Antibiotika gestört ist, ständig Giftstoffe (z. B. Fuselalkohole), welche über die Darmschleimhaut in den Blutkreislauf aufgenommen werden.
Entgiftungsmaßnahmen über den Darm haben primär das Ziel, diese zusätzliche Belastung des Körpers mit neuen Toxinen zu vermindern. Substanzen, die in der Lage sind, Toxine zu binden und deren Resorption zu verhindern, werden dazu therapeutisch eingesetzt (z. B. in Form von Ballaststoffpulvern oder Klinoptilolithen). Zusätzlich können Probiotika durch Gesundung der Darmflora deren Toxinproduktion vermindern.
Über den Darm ist jedoch auch eine direkte Entgiftung des Körpers möglich. Viele toxische Substanzen im Körper werden über die Leber entgiftet und durch die Gallenflüssigkeit in den oberen Dünndarm ausgeschieden. Leider werden sie in tieferen Darmabschnitten wieder resorbiert und gelangen so erneut in den Körper (sog. enterohepatischer Kreislauf). Das trifft auf eine Vielzahl von fettlöslichen Giftstoffen zu, besonders häufig jedoch auf Neurotoxine (Giftstoffe, welche das Nervensystem schädigen). So bilden unter anderem Borrelien Neurotoxine, die für die Symptome der chronischen Neuroborreliose verantwortlich sind. Durch den enterohepatischen Kreislauf ist der Körper nicht in der Lage, diese Nervengifte effektiv auszuscheiden. In einem solchen Fall kann die Verabreichung von toxinbindenden Substanzen die Rückresorption in den Körper verhindern und somit die Giftstoffkonzentration im Organismus vermindern helfen. Eine langsame, aber stetige Verbesserung der neurologischen Symptome ist der therapeutische Erfolg (nachweisbar durch den Visual Contrast Sensitivity-Test).