Borrelien sind bakterielle Erreger, die das Zellinnere befallen. Betroffen sein können alle Organsysteme (Multisystemerkrankung). Eine Borreliose kommt allerdings selten allein: andere Erreger (Ko-Infektionen) und zusätzliche Belastungen (z. B. mit Schwermetallen) sind häufige Begleitfaktoren. Entsprechend vielfältig sind die Symptome. Anzahl und Ausprägung der Beschwerden individuell sehr unterschiedlich. Im Laufe der Zeit verändert sich die Symptomatik, wenn die durch die Erreger bedingten Enzündungen, Immunphänomene und sekundäre Störungen eine sich potenzierende Eigendynamik entwickeln. Oft ist dann keine Unterscheidung mehr möglich zwischen direkt erregerbedingten Symptomen und indirekten Folgesymptomen.
Besonders häufig treten neurologische Symptome auf. Chronische Erschöpfung und Abgeschlagenheit (sog. Chronic fatiague syndrom = CFS), Schlafstörungen, Gedächtnis- und Konzentrationsstörungen, psychische Veränderungen (Depressionen, Ängste), Kribbel- und Taubheitsgefühle oder Nerven- und Kopfschmerzen sind einige davon. Manche Symptome wie Lähmungen, Gang- und Sehstörungen oder auch eine dementielle Entwicklung führen nicht selten zu Diagnosen wie Multiple Sklerose, Parkinson-Syndrom, Amyotrophe Lateralsklerose (ALS) oder Demenz. All diesen genannten Erkrankungen gemein ist, dass deren Ursachen allgemein bisher nicht bekannt sind. Eine chronische Infektion mit Borrelien oder anderen Erregern sollte aber in solchen Fällen in Erwägung gezogen werden.
Differenziert werden müssen diese im Rahmen einer chronischen Borreliose auftretenden neurologischen Symptome von dem aktuen Krankheitsbild einer Neuroborreliose. Trotz ähnlicher Begrifflichkeiten gibt es diagnostisch einen gewichtigen Unterschied: Bei der akuten Neuroborreliose findet sich immer ein veränderter Liquourbefund (Nervenwasser), bei der chronischen Borreliose mit neurologischer Beteiligung dagegen nicht. Eine Nervenwasserpunktion mit unauffälligem Ergebnis schließt somit eine akute Neuroborreliose aus, nicht jedoch eine chronische Borreliose.
Des Weiteren stehen Beschwerden im Muskel- und Gelenkapparat im Vordergrund. Wechselnde Gelenkschmerzen mit und ohne Schwellungen (mal hier, mal dort), Muskelschmerzen, Muskelbrennen und Schweregefühl in den Extremitäten oder Wirbelsäulenschmerzen sind häufig geklagte Symptome. Ähnlichkeiten mit rheumatischen Erkrankungen sind nicht immer zufällig und müssen differenziert werden.
Internistische Symptome sind ebenfalls regelmäßig anzutreffen: Herzrhythmusstörungen und Herzschwäche, chronischer Husten und Luftnot (v. a. bei Co-Infektionen mit Babesien oder Chlamydien), Verdauungsbeschwerden mit Fehlbesiedelung der Darmflora oder chronische Nasennebenhöhlen- und Blasenentzündungen (oft bei Co-Infektion mit Pilzen) stehen hier im Vordergrund.
Auf Grund der Vielfalt der Symptome und der bei den meisten Patienten unauffälligen Standarddiagnostik werden diese Menschen häufig als psychosomatisch erkrankt angesehen. Dabei wird vermutet, dass die körperlichen Beschwerden rein psychische Ursachen haben. Dies ist aber oft unzutreffend oder nur die halbe Wahrheit. Unter psychischen Symptomen leidet unbestritten fast jeder Borreliosepatient. Wie soll die Psyche auch unberührt bleiben, wenn jahrelange körperliche Einschränkungen und daraus resultierende soziale Folgen (Arbeitsplatz, Rückzug von Freunden/Familie) als schier unlösbare Probleme erscheinen? Statt einer psycho-somatischen (die Psyche verursacht körperliche Symptome) liegt also eher eine somato-psychische Beeinträchtigung vor (körperliche Beschwerden verursachen psychische Symptome). Psychologische oder auch psychiatrische Hilfe ist auch bei diesen Menschen notwendig, jedoch nicht ohne Therapie der zugrunde liegenden Multisystemerkrankung.