Bei der VNS-Analyse werden die Schwankungen der Herzfrequenz im Ruhezustand analysiert, da diese Schwankungen den Aktivierungszustand des vegetativen Nervensystems widerspiegeln. Dazu werden insgesamt 520 Herzschläge gemessen, und zwar der zeitliche Abstand zwischen den einzelnen Herzschlägen (RR Intervalle). Wenn hierbei eine Variabilität (unterschiedliche Zeitabstände) zu sehen ist, kann sich der Körper gut auf innere und äußere Reize einstellen. Ist in der HRV Analyse keine Variabilität zu erkennen, bedeutet das, dass der Körper sich nicht mehr ausreichend oder gar nicht auf innere und äußere Reize einstellen kann. Der Körper befindet sich in einer solchen Situation in einer sympathikotonen Ausgangslage und der Parasympathikus teilweise in einer Starre.
Je größer die Variabilität im Herzrhythmus gemessen wird, umso stärker ist der Parasympathikus (Erholung/Regeneration) aktiv.
Je weniger Variabilität vorhanden ist, umso stärker ist der Sympathikus (Kampf/Flucht) aktiv.
Die HRV Analyse, die im Ruhezustand und in sitzender Position durchgeführt wird, sollte einen Parasympathikus aufzeigen, der aktiver ist als der Sympathikus, weil diese Messsituation keine Kampf und Fluchtsituation widerspiegelt.